Полки лучше устанавливать по окончании отделки стен, но предусмотреть под них место заранее.

Потому что: не плохо было бы сделать сразу проводку под светильники, удобно искать на полках при свете, когда все видно, второе, это то что сразу надо рассчитать их высоту, что бы и удобно было что то доставать с одной стороны, и не стукаться об них головой с другой...